Betriebsprüfung in der Apotheke: Ruhe bewahren und Fehler vermeiden

Verfasst von Semra Dindas. Zuletzt aktualisiert am 3 Februar, 2026
Lesezeit Minuten.
Apotheken zählen zu den prüfungsintensivsten Branchen, auch weil sie im Regelfall kaufmännisch geführt werden, wodurch für Inhaber zudem noch persönliche Risiken hinzukommen. Eine Prüfung ist aber selbstverständlich nicht gleichbedeutend mit einer negativen Beurteilung: Folglich sollten Apotheker, bei denen das Finanzamt genauer hinschaut, erst einmal Ruhe bewahren. Schon allein deshalb, weil der operative Apothekenalltag natürlich weitergehen muss.  

Prüfungen von Apotheken sind keine Ausnahme oder Seltenheit

Wer lange genug eine Apotheke führt, wird früher oder später mit hoher Wahrscheinlichkeit einmal in eine Prüfung geraten. Das liegt schon daran, wie Apotheken als Unternehmen wirtschaften. Charakteristisch für die sind hohe Umsätze, die aber zugleich unterschiedlichen Umsatzsteuersätzen unterliegen. Parallel dazu sind die Warenströme ausgesprochen komplex, im Regelfall weitaus komplexer als bei vergleichbaren privatwirtschaftlichen Firmen. Die Rahmenbedingungen, in Form von gesetzlichen Vorgaben und umfassenden Dokumentationspflichten, kommen noch hinzu. Daher sind Betriebsprüfungen keine Seltenheit und kommen oftmals sogar regelmäßig vor. Zuletzt stiegen auch die Impfungen in Apotheken wieder an, die die generierten Umsätze noch etwas komplexer werden lassen.

Vom operativen Alltag bis hin zur Prüfungsvorbereitung

Gut beraten sind Apotheker natürlich dann, wenn sie schlichtweg jeden Tag aufs Neue auf kleine ebenso wie große Details achten. Das selbst sorgt nicht dafür, dass plötzlich keine Prüfung mehr stattfinden würde, aber so sind Apotheken auf künftige Prüfungen adäquat vorbereitet. Letztlich wird da schlichtweg die steuerliche Ordnungsmäßigkeit geprüft, weshalb Apotheken auch nichts zu befürchten haben, wenn sie ihren Pflichten und den gesetzlichen Vorgaben nachkommen.

Dennoch ist es empfehlenswert und unbedingt angeraten, sich bereits in der Vorbereitungsphase professionelle Hilfe zu holen. Eine Steuerberatung für Apotheken kann wertvolle Mehrwerte liefern, auch weil die Steuerexperten aufgrund ihrer Fokussierung bereits sehr gut mit apothekenspezifischen Prozessen vertraut sind. Das reduziert den Erklärungsbedarf, wodurch Apotheker zugleich viel Zeit sparen.

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Betriebsprüfung in der Apotheke: Ruhe bewahren und Fehler vermeiden. Bildquelle: Depositphotos.com

Was wird bei Apotheken typischerweise geprüft?

Letztlich wird die Apotheke als Unternehmen natürlich ganzheitlich betrachtet, aber einige Prüfungsfelder stechen in der Praxis schon hervor.

Die Warenwirtschaft und Lagerbewertung spielt eine Schlüsselrolle. Prüfer achten darauf, dass die Bestände korrekt geführt und auch ordnungsgemäße Inventuren vollzogen sowie dokumentiert werden. Wurden Lagerbestände fehlerhaft bewertet, kann das Steuernachzahlungen zur Folge haben. Dabei ist vor allem auf valide Abschreibungen und verdorbene Arzneimittel zu achten.

Die Umsatzerlöse sind bei Apotheken getrennt zu betrachten. Einerseits gibt es die Rezeptumsätze, auf der Gegenseite die Freiwahl- und OTC-Produkte. Eine korrekte Zuordnung ist zwangsläufig notwendig, da die unterschiedlichen Warengruppen auch verschiedene Umsatzsteuersätze haben. Existieren Abweichungen zwischen der Warenwirtschaft und der Buchhaltung, ist das für Prüfer ein Grund genauer hinzuschauen.

Die Kassenführung wird bei der Prüfung so oder so unter die Lupe genommen, daran führt kein Weg vorbei. Vollständige Aufzeichnungen sind da ebenso notwendig wie tägliche Kassenabschlüsse. Die Kassen selbst müssen außerdem natürlich technisch unveränderbar sein, derartige gesetzliche Vorgaben gelten beispielsweise auch in der Gastronomie. Existieren formale Mängel, haben Prüfer das Recht Hinzuschätzungen vorzunehmen. So kann die Steuerlast ansteigen.

Wie ebenso bei anderen Unternehmen, stehen zudem Privatentnahmen und geldwerte Vorteile im Fokus. Diese müssen allesamt korrekt erfasst werden. Selbiges gilt für die Lohn- und Gehaltsabrechnung, sofern die Apotheke auch Angestellte hat. Bei wenigen Angestellten ist der Prozess relativ übersichtlich, komplexer wird es bei vielen Angestellten oder mehreren Apotheken. Zuschläge und Minijobs sind ebenso zu bedenken wie Sonderzahlungen.

Welche Fehlerquellen sind in der Praxis besonders häufig?

Jüngst rumorte es in der Welt der Apotheker, nachdem bekannt wurde, dass einige Drogerien fortan auch im Apothekengeschäft mitmischen wollen. Solche Sorgen dürfen im operativen Alltag aber nicht zum Hindernis und im weiteren Verlauf zur Fehlerquelle werden.

Sehr häufig lassen sich bei Apotheken derartige Fehlerquellen beobachten:

  • es existieren Unstimmigkeiten zwischen der Buchhaltung und der Warenwirtschaft
  • die Kassenunterlagen sind unvollständig oder schwer nachvollziehbar
  • private und betriebliche Vorgänge werden speziell bei kaufmännisch geführten Apotheken nicht einwandfrei getrennt
  • Personalrabatte wurden nicht korrekt dokumentiert
  • es fehlt schlichtweg an internen Kontrollen, weshalb immer wieder falsche Abläufe stattfinden

Ein 4-Augen-Prinzip ist an dieser Stelle von großer Wichtigkeit. Aber auch das funktioniert nur, wenn die Beteiligten überhaupt wissen, wie es korrekt gemacht wird. Daher kann es auch für Apotheker sinnvoll sein, Mitarbeitern regelmäßige Weiterbildungen anzubieten. Das hilft frühzeitig Schwachstellen zu identifizieren, ist bei der späteren Prüfungsvorbereitung wichtig und ist idealerweise zumindest ein Puzzle-Teil, um schadlos durch die eigentliche Prüfung zu kommen.

Eine fortlaufende steuerliche Begleitung kann sich lohnen

Aufgrund der branchenspezifischen Eigenheiten von Apotheken ist eine allgemeine Steuerberatung oftmals schlichtweg nicht ausreichend. Fachspezifische Steuerberater können aber nicht nur unmittelbar bei einer Prüfung oder der Prüfungsvorbereitung Mehrwerte liefern. Sofern Apotheken ihre steuerlichen Angelegenheiten generell spezialisierten Steuerberatungen anvertrauen, ist bereits für eine gute Ausgangslage gesorgt. Auch das wird Prüfungen nicht verhindern, während der Prüfung hat der Steuerberater dann aber schon umfassende Kenntnisse, was zum Vorteil avanciert. Das könnten Apotheker bereits als einen kontinuierlich stattfindenden Beitrag für spätere Prüfungsvorbereitungen verstehen - was Sicherheit und Ruhe schafft. So bleibt mehr Zeit für den eigentlichen operativen Alltag.


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Semra Dindas, die Assistenz der Geschäftsführung bei Selbststaendigkeit.de, vereint umfassende internationale Erfahrung und fundierte wirtschaftliche Kenntnisse. Ihre Rolle als Managerin für Internationale Operationen bei Teknik Fuarcılık und ihre Tätigkeit in den Internationalen Beziehungen bei der ITM International Textile Machinery Exhibition unterstreichen ihre Fähigkeit, in einem globalen Umfeld zu agieren und zu koordinieren. Ihr akademischer Hintergrund in Wirtschaftswissenschaften von der Wirtschaftsuniversität Wien ergänzt ihre beruflichen Kompetenzen, die sie in ihre zusätzliche Verantwortung für die Koordination der Advertorials bei Selbststaendigkeit.de einbringt.

Privat ermöglicht ihr die Flexibilität ihrer Tätigkeit bei Selbststaendigkeit.de, auf einem Bauernhof in der Türkei zu leben. Diese besondere Lebensweise spiegelt ihre Wertschätzung für Natur und Unabhängigkeit wider und bietet ihr einen ausgleichenden Kontrast zu ihrem beruflichen Alltag.

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